1、来源不同：蜂巢素是人工提取出蜂巢中的有效成分并精制成的，而蜂胶则是蜜蜂采集树胶并混以腺体分泌物加工成的，但天然蜂胶(毛胶)因含有重金属而不能直接食用，因此市场上的蜂胶大多都是经过提纯后的蜂胶，因此单从来源上看蜂巢素和蜂胶就存在着本质上的区别。

2、成分不同：蜂巢素中含有脂肪酸、鞣质、甙类、氨基酸、酶类及铁、钙、铜、钾等微量元素，而蜂胶的主要成分则是树脂、蜂蜡及多种蜜蜂分泌物，尚含丰富的黄酮类化合物、氨基酸、维生素、有机酸、矿物质等成分，但值得注意的是在蜂巢素中实际上含有一定量的蜂胶。

3、功效不同：蜂巢素最主要的功效是抗菌和消炎，一般多用于辅助治疗鼻炎、鼻窦炎、咽炎、肝炎及风湿性关节炎等症，而蜂胶除了抗菌消炎之外还有增强免疫、降脂降压、调节血糖等功效，因此特别适免疫力低下、高血压、高血脂、高血糖及各种鼻炎、口腔炎等人群服用。

4、价格不同：蜂巢素是以蜂巢为主要原料精制成的，而蜂巢又是所有蜂产品中最为廉价的，因此蜂巢素一般在30～50元左右一瓶(500克)，蜂胶则因产量稀缺而素有“紫色黄金”之称，原始蜂胶(毛胶)基本上都要200～300元一斤，经提纯后的蜂胶售价更是高达600～800元一斤。