商标注册网上申请流程如下：

一、申请“商标数字证书”
商标代理机构应当先申请“商标数字证书”，然后才能代理商标注册网上申请，详情请查阅“商标数字证书申请流程 ”。
二、下载并安装数字证书驱动程序和安全控件
登录商标网上申请系统首页，下载数字证书驱动程序和安全应用控件软件，并按照“商标数字证书(KEY)安装指南 ”的要求进行安装，详情请查阅“商标数字证书(KEY)安装指南 ”和“商标数字证书(key)使用注意事项 ”。
三、进行网上申报
选择“商标代理机构登录”，插入数字证书，输入PIN码，点击“登录”进入系统，阅读填写要求并按规定操作。
四、缴纳商标规费
提交商标注册网上申请，商标代理机构应向商标局足额预付商标规费。详情请查阅“商标网上申请缴费须知 ”。
五、商标注册网上申请申请及提交材料
如何申请商标注册
1、注册准备
选择注册方式。
一种是自己到国家工商行政管理局商标局申请注册；
另一种是委托一家经验丰富的商标代理组织代理服务。
2、准备资料
准备商标图样10张(指定颜色的彩色商标，应交着色图样10张，黑白墨稿1张)，长和宽不大于10厘米，不小于5厘米，商标图样方向不清的，应用箭头标明上下方；如果是个人提出申请，需出示身份证并递交复印件另加个体营业执照复印件并且经营范围与注册的商标一致；若是企业申请，则出示企业《营业执照》副本并递交复印件；盖有单位公章商标注册申请书。
3、按商品与服务分类提出申请
目前，商品和服务项目共分为45类，其中商品34类，服务项目11类。申请注册时，应按商品与服务分类表的分类确定使用商标的商品或服务类别；同一申请人在不同类别的商品上使用同一商标的，应按不同类别提出注册申请。
4、申请日的确定
这是最重要的一点：由于中国商标注册采用申请在先原则，一旦您和其他企业发生商标权的纠纷，申请日在先的企业将受法律保护。所以，确立申请日十分重要，申请日以商标局收到申请书的日期为准。
接下来就是商标审查、初审公告、注册公告三个程序。需要强调的是，经过商标局初审通过的商标，要在刊登公告三个月后无人提出异议才可以注册完成，该商标即受法律保护。已注册商标的有效期为十年，自核准注册之日起计算。有效期满，需要继续使用的，可以申请商标续展注册。
怎样领取商标注册证
商标完成注册后，商标局向注册人颁发证书。
若是通过代理组织的由代理人向注册人寄送《商标注册证》；直接办理注册的，注册人应在接到《领取商标注册证通知书》后三个月内到商标局领证，同时还应携带：领取商标注册证的介绍信、领证人身份证及复印件、营业执照副本原件和加盖当地工商部门的章戳的复印件、领取商标注册证通知书、商标注册人名义变更的需附送工商部门出具的变更证明。